26 апреля 1869 года Священный Синод по докладу митрополита Иннокентия (Вениаминова) разрешил Московской Духовной академии устроить церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы в зале на верхнем этаже здания бывших Царских чертогов. Средства для устройства церкви предоставил потомственный почетный гражданин Сергиева Посада Алексей Толоконников, исполнявший должность блюстителя хозяйственной части Академии.
